三色堇是堇菜科堇菜屬的二年或多年生草本植物。基生葉葉片長卵形或披針形,具長柄,莖生葉葉片卵形、長圓形或長圓披針形,先端圓或鈍,邊緣具稀疏的圓齒或鈍鋸齒。莖高10-40cm,全株光滑。地上莖較粗,直立或稍傾斜,有棱,單一或多分枝。基生葉葉片長卵形或披針形,具長柄;莖生葉葉片卵形、長圓狀圓形或長圓狀披針形,先端圓或鈍,基部圓,邊緣具稀疏的圓齒或鈍鋸齒,上部葉葉柄較長,下部者較短;托葉大型,葉狀,羽狀深裂,長1-4cm。花大,直徑約3.5-6cm,每個莖上有3-10朵,通常每花有紫、白、黃三色;花梗稍粗,單生葉腋,上部具2枚對生的小苞片;小苞片小,卵狀三角形;萼片綠色,長圓狀披針形,長1.2-2.2cm,寬3-5mm,先端尖,邊緣狹膜質,基部附屬物發達,長3-6mm,邊緣不整齊。